Il nucleo più antico del paese è ancora oggi cinto dalle cerchia di mura medioevali che testimoniano lo sviluppo che il centro subì da piccolo borgo agricolo durante l' Impero romano al castello di Uguccione II nel 917. Da Passignano si raggiunge in pochi minuti di battello l'Isola Maggiore, dove si possono visitare la chiesa romanica di S. Salvatore del XII secolo, quella di S.Michele Arcangelo del XIV secolo e la Villa Isabella dei Marchesi Guglielmi. Sulla terra ferma, invece, a circa dieci chilometri da Passignano sul Trasimeno, sorge il piccolo borgo di Castel Rigone, dove è stato eretto uno dei più eleganti edifici rinascimentali di tutta l' Umbria: la chiesa della Madonna dei Miracoli.